改制大學前：依據教育部七十年ㄧ月二十日台(70)社字2006號函辦理。
改制大學後：
　　一、依據特殊教育法第四十三條、特殊教育法施行細則第十五條、第十六條，以及第四十四條　　
　　二、依據國立新竹教育大學中心設立與管理辦法第二條，申請設置「國立新竹教育大學特殊教育中心」，簡稱「特教中心」。
　　三、民國105年11月1日，國立清華大學及國立新竹教育大學兩校正式合併為「國立清華大學」。本中心遂更名為「國立清華大學特殊教育中心」，簡稱「特教中心」。